建筑工程施工合同在合同文本(国家gf-1999-0201示范文本、fidic示范文本等)的条款设计上，对发包人和承包人各项权利义务的履行在时间期限上给予了非常细致的程序性规定，同时还规定了未在这些约定的时间内履行合同义务会产生诸如“视为确认或视为放弃”等的法律后果。
　　一、建筑工程施工合同存在的问题
　　(一)合同中对于重要的履约时限没有约定，如承包人提交计划、方案、确认函、签证索赔、结算报告的时间限制，发包人给予确认、回复以及办理结算的时限等等，使双方陷入无尽的督促、催促和纷争等内耗之中。
　　(二)合同中虽然对于重要的时限给予了明确的约定，但约定的时限不科学，不具备可操作性。如对于重大的设计变更，发包人要求承包人在3天之内不仅提出索赔要求，还要附具体数额及计算式，否则，发包人可以不予考虑;再如，上亿元的工程，双方约定在30天内办理完结算等等，导致这样的约定要么形同虚设，要么对一方显失公平。
　　(三)不认真研究合同条款，直接按以前的通常做法开展各项工作，未按约定程序行事的现象普遍存在。承包人迟延报送的签证索赔，发包人不仅不严格依据有关约定明确回复不予考虑，相反，有些还确实给予了确认，使承包人产生发包人不会“较真”的错觉，甚至对发包人代表的“这个你放心”、“那个不会让你吃亏的”、“只要我在这个位置，保证给你解决”之类的口头承诺深信不已。但是一旦真正产生纠纷诉诸法院要严格按合同和法律来认定有关事实的时候，悔之晚矣。
　　(四)为了维系发包人和承包人双方的关系，以利于工程顺利进展，或者出于策略性的考虑，承包人有时会人为地将某些签证索赔“压一压”，以在认为合适的时间报送发包人，以期获得最佳的经营效果，有的承包人甚至委曲求全，生怕严格按合同约定“逼”甲方签收、确认，这工程就没法干了。导致本来可以产生法律效力的签证和索赔，由于没有发包人的签收而无法获得合同约定的法律效果。
　　二、建筑工程施工合同存在问题的原因分析
　　(一)“重实体，轻程序”的传统意识。同我国司法实践中“重实体，轻程序”的传统做法一样，工程施工管理人员也同样存在这样的思想。发包人认为，工程干好了，成本控制了就行了，能签的字签一下，不能签的放一下;承包人则认为，该报送的瞅时机报了，该签的签了，该签不签的工作慢慢来做，管他什么时限不时限的，最后结算不亏就行了。
　　(二)“一般不会出问题”的风险意识。不可否认，我国市场经济活动中成千上万的交易，真正产生纠纷的只占很小的比例，诉诸法院的就更微乎其微了。工程施工合同属于相对比较复杂的交易形态，在合同履行过程中大的纠纷不说，小的纠纷和争议还是随处可见的。而我们有的承包人认为自己干了一辈子工程，没有化解不了的矛盾，根本不会闹到法院。有这样的思想并不可怕，但由于有这样的思想，在实践过程中，就不严格依据合同约定的时间报送有关资料、提出有关索赔和签证事项，并同时严格作好签收记录，那结果就很令人担忧了。
　　另一方面，客观上也存在发包人和承包人地位相对不平等，社会诚信危机，以及个人工作原则、态度、能力和责任心等等多方面的原因。
　　三、建筑工程施工合同存在的法律风险
　　根据国家gf-1999-0201示范文本《建设工程施工合同》通用条款，其履约时限及其预期的后果有三大类：第一类是未约定具体的履约时限，此类主要存在于发包人、承包人在工程施工过程中遵守和履行的原则性义务，以及时间性不强，还有发生不确定的检查、返工、重新检验、安全施工检查与防护、质量保修、不可抗力等方面;第二类是仅约定具体履约时限，并没有约定超出该期限履约将导致怎样的法律后果，如6.1条工程师的委派和撤回、33.1条、33.2条竣工结算时间的约定等等，这类履约时限占少数且主要存在于对工程进展影响不大的事项;第三类是不仅约定了明确的履约时限，而且也明确了违反该约定将导致的法律后果，如发包人违反时限的有关约定，将导致指令被确认(6.2条)、提交的施工组织设计视为同意(10.1条)、不按时进行验收应承认验收记录(17.2条)、承包人有权解除合同(44.2条)等等，而承包人违反时限的有关约定，将更多的导致经济利益方面的损失，如赔偿发包人有关损失(9.2条)、视为该项变更不涉及合同价款的变更(31.2条)等等。
　　对于一、二两类时限，如果未严格按照合同约定的时间或及时履行有关义务，并不一定导致对违约方的不利法律后果，有的时候甚至还可以利用对方记忆模糊而作出一些有利于己方的判断或认定。对于第三类时限，应当引起发包人和承包人的高度重视，在规定的时间内，一旦怠于行使权利和义务，将会导致不利法律后果的承担，如一方有权解除合同、丧失签证索赔机会等等。因此必须在过程中严格按程序办事，为今后结算以及争议的解决获得有利的谈判地位，一旦进入诉讼(仲裁)程序，也能够确保获得有利的裁决结果。
　　四、解决建筑工程施工合同存在问题的对策
　　针对上述问题及其存在的法律风险，项目的有关人员尤其是承包人，必须要有风险意识和大局意识，把握好原则，控制好度，另外也应该注意工作的方式方法，商场如战场，一定要多一点谨慎，多留个心眼。
　　(一)对于合同中对关键程序没有约定时限及其后果的，在合同洽商的时候应尽量进行有关约定，没有约定或者约定的时间在合同履行一段时间后确实认为不科学、不具备操作性的，在合同履行过程中也要利用各种会议纪要、洽商记录等书面形式予以补充约定。因为不作为的默示条款只有在双方有约定的情况下才发生当事人期待的法律效果，如最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十条：“当事人约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件的，按照约定处理。承包人请求按照竣工结算文件结算工程价款的，应予支持”，适用该法律依据的前提是双方在合同中必须进行这样的约定。因此，承包人应利用合同洽商中、签定后甚至是工程竣工结算时的一切机会，进行诸如此类的约定，一旦发包人怠于进行有关事项的确认以及办理竣工结算，无故拖延的，只要未导致法律上的显失公平，都将会视为认可和确认，从而使承包人处于较为主动的地位。

　　(二)建设工程施工周期长，组织管理复杂，工程签证、索赔、变更不断，而项目上的人力资源相对有限，如何配置现有的人力资源，做到签证索赔事项不遗漏，做到事事给予及时的回复、确认和催促，笔者建议从如下方面着手切实加强项目管理：
　　1.从人力资源配置方面看，对项目上涉及重要经济技术往来的工作和事项，进行细致的分工并确保专人负责，同时在人员配备上作适当的倾斜，如商务预算岗和内业技术岗。
　　2.从制度及合同履约策划方面看，每个项目在成立之时，就应该在最短的时间内进行合同履约的策划。合同履约策划应包括但不限于对合同中的风险识别、预警机制、防范措施以及应急预案等方面的内容。另一方面，应结合合同履约时限的程序性约定，制定本项目的各项管理制度和流程，包括但不限于签证、索赔、变更、重要往来函件的处理、印章的管理等等。
　　3.从精细化管理方面看，相应的责任人可以结合相应的管理办法对签证、索赔、变更等具体的工作制定详尽的台账并妥善保管原件资料。
　　以签证单台账为例(包括但不限于以下子目)：编号、时间、内容、报送金额、发生时间、合同约定的报送时间、实际报送时间、合同约定对方签认的时间、实际签认的时间、确认金额、未确认原因、签收人、责任人等等，可以说，通过这样一本台账，可以清楚地了解项目签证工作的整体情况，如什么签证处于什么状态，其效力如何等等。可谓是“一表在手，心中全有”，每天浏览一下台账，不仅能明确工作的轻重缓急，而且增强了工作的条理性，做到忙而不乱。
　　由台账而对应的各项资料的管理也是工作的重中之重，不仅原件资料专人负责、专人保管，还要做到封面、目录、资料的签收记录、资料原件整齐划一、装订美观、拆卸便易、查找快捷。以上工作看似繁琐，但只要在开始的时候花点工夫，构建了体系，养成了习惯，其实工作都分解在平时，相对于每天而言根本增加不了多少工作量，此所谓磨刀不误砍柴功。